Kirkegården har vært i bruk siden middelalderen og det ligger minst ti tusen mennesker gravlagt her. Frem til 1724 ble også de døde fra Beiarn frakta til kirkegården på Gildeskål kirkested. I 1888 startet man med utvidelse av kirkegården med arealene nedenfor bakken mot sjøen. Det ble blant annet kjørt på store mengder skjellsand for å gjøre området egnet for gravlegging.
Denne nyere delen ble tatt i bruk i 1891, men det skulle likevel ikke ta lang tid før plassmangelen igjen meldte seg
Det er få gamle gravminner på denne kirkegården. Det skyldes at gravene har vært brukt om igjen og om igjen samt at de fleste gravminnene var trekors som råtnet og forsvant etter en generasjon eller to. Prestefamiliene og andre storfolk ble gravlagt under kirkegolvet fra 1600-tallet og frem til 1805 da det kom forbud mot innendørs gravlegging. Derfor er det ingen prestegraver før 1825 på kirkegården.