Kystfortet på Nordarnøy hadde ikke spesielle helsemessige utfordringer. De vanligste oppgavene var avlusing, bekjempelse av skabb, småskader med infeksjoner, influensa og lungebetennelse.

Mange kystfort hadde også utfordringer i forhold til psykisk helse, det gjaldt særlig avsidesliggende og isolerte avdelinger i nord hvor soldatene hadde få adspredelser, og det dessuten var mørketid. I 1943 tok man konsekvensen av trivselsproblemene i nord, og foretok en storstilt ombytting av mannskaper fra nord til sør i landet og omvendt. Permisjoner fikk mannskapene 1-2 ganger pr år, og fortsjefen kunne ikke permittere mer enn 10 % av styrken på grunn av beredskapskravene. Senere ble prosenten økt noe ettersom det hadde opparbeidet seg et etterslep i forhold til permisjonsbehovet.